Le Burkina Faso est le deuxième pays d'Afrique subsaharienne, après l’Afrique du Sud, à s'être lancé dans la production de coton génétiquement modifié. Il compte ensemencer environ 100 000 hectares de coton transgénique cette année, afin d’augmenter la productivité et les revenus des paysans. Toutefois, les avis sont partagés sur ces deux points, et notamment la question des pesticides, qui selon certains seulement, seraient moins utilisés dans les cultures transgéniques que traditionnelles. La résistance se fait ainsi entendre à Ouagadougou du côté des ONG contre l’expansion du coton promue par la firme américaine Monsanto.