La police a fait état de 6.000 personnes dans la capitale et 4.500 dans la deuxième ville de Russie, tandis que les organisateurs des rassemblements n'ont pas fourni d'estimations de leur nombre.
Les journalistes de l'AFP ont constaté la présence de foules importantes, sans qu'elles atteignent l'ampleur des manifestations du mois de janvier après l'arrestation de M. Navalny.
Scandant des slogans tels que "Poutine voleur !" et "Liberté !" pour l'opposant, les manifestants à Moscou se sont rassemblés près du Kremlin puis se sont dirigés non loin de là vers le siège des services de sécurité (FSB).
Ils étaient encadrés par les membres des forces de l'ordre, casqués et armés de matraques, mais ceux-ci n'étaient pas intervenus vers 18H00 GMT, deux heures après le début du mouvement, contrairement à ce qui s'était passé au mois de janvier lorsque les manifestations avaient été brutalement réprimées.
Les protestataires interrogés par l'AFP balançaient entre détermination et une certaine déception de ne pas être plus nombreux.
"Je ne pense pas que cette action pourra sauver Navalny, il faudrait au moins 200 ou 300.000 personnes dans la rue. Là, ce n'est pas le cas", constatait Alexandre Boutouzov, 51 ans.
"C'est un combat pour l'avenir", estimait pour sa part Andreï Zamiatine, un entrepreneur de 51 ans : "Navalny veut changer le système et il est puni pour cela".
A Saint-Pétersbourg, les arrestations étaient plus nombreuses qu'à Moscou, selon une journaliste de l'AFP qui a vu notamment un policier utiliser un taser contre un manifestant.