Un tribunal d'exception, instauré pour juger toute personne ayant violé l'état d'urgence décrété le 22 février par le président Omar el-Béchir, avait aussi condamné samedi les neuf manifestantes à un mois de prison.
"La cour d'appel a annulé les condamnations à la flagellation", a déclaré l'avocate de la défense Enaam Atieg, avant d'ajouter que la cour avait également ordonné la libération immédiate des manifestantes, arguant que le temps passé en détention depuis leur arrestation était suffisant.
Les neuf femmes avaient été arrêtées jeudi pour avoir participé plus tôt dans la journée à une "manifestation interdite" à Khartoum, dans le quartier de Burri.
Le Soudan est le théâtre depuis le 19 décembre de manifestations déclenchées par la décision du gouvernement de tripler le prix du pain. Celles-ci se sont rapidement transformées en mouvement réclamant la démission d'Omar el-Béchir, au pouvoir depuis 1989.
Après plusieurs semaines de répression, le président avait décrété l'état d'urgence, pour un an et dans tout le pays, pour mettre fin aux protestations qui représentent son plus grand défi en trois décennies, selon des analystes.
Lundi, les députés ont raccourci à six mois la durée de l'état d'urgence.
M. Béchir a également interdit les manifestations non autorisées et donné le pouvoir aux forces de sécurité d'effectuer raids et fouilles. Il a également dissous le gouvernement fédéral et ceux des provinces, nommant 16 officiers de l'armée et deux agents du puissant service de renseignement à la tête des 18 provinces du pays.
Le président avait reconnu début février que les jeunes, et principalement les jeunes femmes, étaient à la tête de ce mouvement.
Le 8 mars, il avait ordonné la libération de toutes les femmes détenues depuis le début des manifestations, mais aucun chiffre n'avait été communiqué. Des militants de l'opposition avaient alors affirmé qu'environ 150 femmes étaient derrière les barreaux.
Selon des ONG, des centaines de personnes, dirigeants de l'opposition, militants et journalistes, ont été arrêtées depuis le début de la contestation.
Un bilan officiel fait état de 31 morts. L'ONG de défense des droits humains Human Rights Watch évoque pour sa part au moins 51 morts.