Cet accord a été annoncé quelques heures seulement après la reprise de discussions jugées cruciales pour l'avenir du pays qui vient de mettre fin à trois décennies d'un pouvoir sans partage exercé par l'ancien président Omar el-Béchir.
"Au cours de la réunion d'aujourd'hui (lundi), nous nous sommes mis d'accord sur la structure des organes (de transition) et leurs prérogatives", a déclaré à l'AFP un porte-parole des protestataires, Taha Osman.
Ces organes sont un "Conseil souverain, un cabinet et une assemblée législative", a-t-il précisé.
Lire aussi : Reprise de discussions cruciales sur la transition politique au Soudan"Les discussions de demain (mardi) vont porter sur la durée de la période de transition et la composition du (nouveau) conseil" et des deux autres organes, a-t-il ajouté.
Le porte-parole du Conseil militaire, le général Chamsedddine Kabbachi a confirmé les termes de l'accord.
"Nous nous sommes entendus sur la formation des entités de la transition aux niveaux souverain, exécutif et législatif", a-t-il déclaré à la presse.
"Demain, nous allons discuter des pourcentages de représentation (au sein de ces organes) et de la durée de la transition", a-t-il dit.
Jusqu'ici, les deux parties divergeaient notamment sur la composition d'un Conseil souverain appelé à remplacer le Conseil militaire qui a pris le pouvoir après l'éviction de M. Béchir le 11 avril.
L'Alliance pour la liberté et le changement (ALC), fer de lance de la contestation, veut qu'il soit dominé par les civils tandis que l'armée cherche à ce qu'il comprenne une majorité de militaires.
Les généraux souhaitent une période de transition de deux ans tandis que les protestataires veulent que cette période s'étende sur quatre ans.
Les militaires voulaient en outre garder la Charia (loi islamique) comme source de la législation pendant la période de transition.
- Béchir inculpé -
Maître du Soudan pendant près de 30 ans, le président Béchir a été destitué à l'issue d'une série de manifestations populaires qui ont débuté le 19 décembre, après la décision du gouvernement de tripler le prix du pain dans un pays à l'économie exsangue.
Il a été inculpé pour "le meurtre de manifestants" pendant les protestations contre son régime, a indiqué lundi le Procureur général soudanais.
"Omar el-Béchir et d'autres (personnalités) ont été inculpés pour incitation et participation au meurtre de manifestants", a indiqué le Procureur dans un communiqué.
Il a recommandé l'"accélération des enquêtes sur les meurtres d'autres manifestants".
Selon une association de médecins proche de la coordination des protestataires, l'Alliance pour la liberté et le changement (ALC), 90 personnes ont été tuées par les forces de l'ordre depuis le début des manifestations le 19 décembre. Les autorités parlent quant à elles d'un bilan de 65 morts.
L'ancien chef de l'Etat fait également l'objet de mandats d'arrêt de la Cour pénale internationale (CPI), qui souhaite le voir répondre à La Haye d'accusations de génocide, crimes contre l'humanité et crimes de guerre lors du conflit au Darfour (ouest).
Fin avril, le Conseil militaire de transition, qui l'a remplacé avait indiqué refuser un transfert vers La Haye, laissant cette éventuelle décision à un futur gouvernement civil.
- Blessés à Khartoum -
Les progrès dans les négociations sur le transfert du pouvoir par les militaires interviennent alors que la tension est montée dans la capitale Khartoum.
Depuis dimanche soir, des manifestants bloquent une grande artère de la capitale, la rue du Nil, après avoir accusé les militaires d'avoir fermé un pont menant à leur sit-in permanent devant le QG de l'armée.
Lundi, des heurts ont eu lieu entre forces de l'ordre et manifestants, selon le Comité des médecins, proche de l'ALC, qui a fait état de trois manifestants blessés par balles.
Les paramilitaires de la Force de soutien rapide (RSF) ont dispersé à coups de bâton des manifestants dans plusieurs endroits de Khartoum et démantelé des barricades, selon ce comité.
Dès dimanche, le Conseil militaire a jugé "totalement inacceptable" le blocage de la rue du Nil. "Cela crée du chaos et rend la vie difficile pour les citoyens", avait-t-il déclaré dans un communiqué.
Mais il a démenti des affirmations sur les réseaux sociaux selon lesquelles les forces de sécurité avaient l'intention de disperser le sit-in principal qui se maintient devant le QG de l'armée depuis le 6 avril. "Nous assurons que cela est totalement faux", avait indiqué le Conseil militaire.