M. Embalo, 47 ans, a comblé un retard de 12 points concédé à son adversaire lors du premier tour et remporté 53,55% des voix dimanche dernier, contre 46,45% pour M. Pereira, a annoncé la Commission électorale nationale (CNE).
Des scènes de joie ont immédiatement éclaté à proximité de l'hôtel, placé sous très haute surveillance policière, où les résultats ont été proclamés.
"Les résultats provisoires qui viennent d'être proclamés sont pleins d'irrégularités, de nullité et de manipulations, qui (constituent) une fraude électorale. Un tel résultat, nous ne pouvons pas l'accepter", a déclaré devant des militants au siège de son parti M. Pereira, alors que les supporters de M. Embalo fêtaient la victoire dans le centre de la capitale Bissau à grands coups klaxons et de concerts de casseroles.
"Nous allons amener toutes les preuves qui démontrent que les résultats ont été changés" au profit de M. Embalo, a ajouté le chef du Parti africain pour l'indépendance de la Guinée et du Cap-Vert (PAIGC), en annonçant un "recours en annulation" après consultation de ses conseillers juridiques.
"Je serai un président de la concorde nationale", a pour sa part assuré Umaro Sissoco Embalo, qui défendait les couleurs du parti Madem, une dissidence du PAIGC.
"L'euphorie de la campagne est terminée. J'ai besoin de tous les Bissau-guinéens pour faire une nouvelle Guinée-Bissau", a-t-il ajouté depuis son siège de campagne.
- "Le peuple a besoin de stabilité" -
"L'élection s'est bien déroulée. Un candidat a gagné. Il aura beaucoup de responsabilités pendant ces moments difficiles que traverse la Guinée-Bissau", avait auparavant déclaré à l'AFP une observatrice membre d'un réseau d'organisations de la société civile, Elisa Pinto.
Le nouveau président "doit répondre aux préoccupations du peuple et le peuple a besoin de la stabilité et d'une réconciliation nationale. Sans ça, il ne peut pas y avoir de développement", a-t-elle ajouté.
M. Pereira avait viré en tête lors du premier tour, avec 40,1% des voix, contre près de 28% pour M. Embalo.
Mais ce dernier a pu compter sur le soutien des principaux candidats éliminés, dont le président sortant José Mario Vaz, arrivé seulement à la quatrième place au premier tour.
Le président élu est un général de brigade de réserve, ancien Premier ministre (2016-2018) du président Vaz, spécialiste des questions de défense et géostratégiques. Il a également été le représentant en Afrique de l'Ouest d'un fonds d'investissement libyen.
Sur ses affiches de campagne, lors de ses meetings et sur les bulletins de vote, cet homme polyglotte portait un désormais célèbre keffieh rouge et blanc. Ses partisans continuent de le surnommer "le général", bien qu'il ait quitté l'armée de son propre chef dans les années 1990.
- Obligé de composer avec le Parlement -
Sur le plan politique, il est le vice-président du Madem, qu'il a fondé avec des dissidents du PAIGC sous la précédente législature.
Ce père de trois enfants, "musulman marié à une chrétienne", s'est posé en "rassembleur", tout en critiquant vertement la gestion du PAIGC, parti qui a mené la lutte pour l'indépendance du Portugal en 1974 et dominé la vie politique depuis lors.
L'enjeu du scrutin était de mettre fin à un blocage politique persistant.
La Guinée-Bissau, petit pays de 1,8 million d'habitants, a été engluée dans la crise depuis quatre ans à cause de la mésentente entre le PAIGC et le président José Mario Vaz.
Elle est depuis son indépendance coutumière des coups d'Etat, le dernier en 2012, menés par une armée longtemps très impliquée dans la vie politique et mêlée au trafic de cocaïne venant d'Amérique latine.
Le chef d'état-major de l'armée, le général Biague Na Ntam, a affirmé à plusieurs reprises que les militaires ne sortiraient cette fois pas de leurs casernes.
Alors que le Madem siège dans l'opposition, M. Embalo va devoir en premier lieu composer avec une assemblée dominée par le PAIGC. Selon la Constitution, le Parlement a le droit de désigner le Premier ministre, que le président peut toutefois révoquer.