M. Buhari, du Congrès progressiste (APC), a remporté 792.460 voix contre 632.327 pour M. Jonathan, candidat du Parti démocratique populaire (PDP).
Un résultat inverse de la précédente présidentielle en 2011, où M. Jonathan l'avait emporté face à M. Buhari.
Lagos, qui compte environ 20 millions d'habitants, est considéré comme un Etat clé dans ce scrutin, mais les électeurs se sont peu mobilisés. Seulement 1,7 million des 5,8 millions d'électeurs enregistrés ont voté pour la présidentielle et les législatives.
Le président sortant du Nigeria Goodluck Jonathan a réalisé un carton plein dans son fief de l'Etat de Bayelsa (sud), remportant plus de 98% des suffrages à l'élection présidentielle, a annoncé mardi la commission électorale indépendante.
Dans cet Etat producteur de pétrole, où il est né, M. Jonathan a rassemblé 361.209 voix sur 367.067 suffrages exprimés, contre seulement 5.194 au principal candidat de l'opposition Muhammadu Buhari.
A l'échelon national, c'est cependant l'ex-général Buhari qui mène, d'après le décompte partiel des résultats.
L'utilisation, pour la première fois, d'un système de reconnaissance biométrique des cartes d'électeurs a causé un certain nombre de problèmes techniques et de longues attentes devant les bureaux de vote, décourageant un grand nombre d'électeurs à travers le pays.
L'Etat de Lagos est gouverné par l'opposition depuis la fin des dictatures militaires en 1999 - le Nigeria étant un Etat fédéral comme les Etats-Unis.
Dans un pays aux fractures religieuses et ethniques très marquées, Lagos est la ville qui affiche la plus grande mixité. Et les électeurs y ont tendance à voter selon des critères autres que l'origine et la religion des candidats.