Selon le policier responsable de l'enquête dans cette affaire, John Kariuki, des analyses ont montré que les empreintes du cadavre "n'appartiennent pas" à Meshack Yebei, la personne présentée par la défense de M. Ruto comme un témoin-clé à son procès pour crimes contre l'humanité.
La police attend le résultat d'analyses ADN pour déterminer l'identité de la victime, a-t-il ajouté.
Début janvier, la famille de Meshack Yebei, porté disparu depuis le 28 décembre, avait pourtant formellement identifié le corps, retrouvé mutilé le 4 janvier dans une rivière du comté de Nandi (environ 300 km à l'ouest de la capitale Nairobi).
Karim Khan, l'avocat du vice-président, avait qualifié M. Yebei de "témoin très important pour la défense" dans une lettre à la brigade criminelle de la police kényane consultée par l'AFP, et affirmé que l'homme avait fait l'objet d'une demande de placement sous le programme de protection des témoins de la CPI.
Le procès du vice-président kényan William Ruto et de son co-accusé, le présentateur radio Joshua Arap Sang, s'est ouvert devant la CPI en septembre 2013.
Les deux hommes, qui plaident non coupable, sont jugés pour leur rôle présumé dans les violences post-électorales de fin 2007-début 2008, qui avaient fait plus de 1.000 morts et 600.000 déplacés.
Les enquêtes de la CPI au Kenya ont été émaillées d'incidents: intimidation et même disparition de témoins - jusqu'ici de l'accusation -, mais aussi corruption et faux témoignages.
Le président kényan Uhuru Kenyatta avait lui aussi été inculpé par la CPI de crimes contre l'humanité pour son rôle présumé dans les violences post-électorales, mais les accusations portées contre lui ont été abandonnées le mois dernier par la procureure de la CPI, Fatou Bensouda, faute de preuves.
En abandonnant les poursuites, Mme Bensouda avait dénoncé une "série d'obstacles majeurs" à son enquête, évoquant de "vastes initiatives concertées pour harceler, intimider et menacer" les témoins.
Elle avait affirmé que, depuis le début de la procédure, plusieurs témoins étaient décédés tandis que d'autres étaient "trop terrifiés" pour témoigner, certains ayant même fini par "retirer" leur témoignage.