L'Institut national mozambicain de gestion des catastrophes naturelles (INGC) a également fait état de 55 blessés, dont quatre dans un "état grave".
Le cyclone Dineo a frappé mercredi soir la côte sud du pays, notamment les deux stations balnéaires d'Inhambane et Vilanculos, où le cumul des précipitations a atteint 100 à 200 mm.
Selon un nouveau bilan des autorités cité par la Croix-Rouge, 130.000 personnes ont été déplacées, 22.000 habitations sérieusement ou totalement détruites, ainsi que 49 hôpitaux ou centres de santé et 105 écoles ou bâtiments publics.
De nombreuses routes ont été coupées par des chutes d'arbres ou les inondations dans la province d'Inhambane, dont de nombreux secteurs étaient également privés d'électricité.
La Croix-Rouge et le Croissant-Rouge ont envoyé des équipes d'urgence et du matériel.
"Le déplacement des familles, l'interruption des services de santé et la perspective d'importantes inondations et d'une contamination de l'eau constituent des risques de santé publique majeurs qui doivent être traités rapidement", a jugé Jamie LeSueur, coordinateur de la Croix-Rouge pour l'Afrique australe.
Le passage de cyclones provoque régulièrement des inondations massives et meurtrières au Mozambique. Elles avaient causé la mort de 800 personnes en 2000 et plus de 100 en 2015.
Désormais reclassé en dépression tropicale, Dineo a poursuivi vendredi sa route vers l'est et causé de fortes pluies dans le nord-est de l'Afrique du Sud ainsi qu'au Zimbabwe.
Le célèbre parc Kruger, très prisé des touristes pour les safaris, avait fermé dès jeudi après-midi toutes ses routes non goudronnées et plusieurs des campements.
Les services météorologiques sud-africains (SAWS) ont placé vendredi l'extrême nord-est du pays, dans les provinces du Mpumalanga et du Limpopo en alerte rouge pour de fortes précipitations et des risques d'inondation.
Aucun dégât majeur n'avait cependant été signalé en Afrique du Sud vendredi soir.
"Dans tous ces pays, les gens sont particulièrement vulnérables après deux ans de sécheresse, des pénuries alimentaires et la perte de leurs moyens de subsistance (...) c'est une source de grande inquiétude", a indiqué M. LeSueur.
Dineo doit atteindre le Botswana samedi.
Avec AFP