Cette décision intervient quelques heures avant le départ du président Sissi, très critiqué par les ONG de défense des droits de l'Homme, pour New York où il doit assister à l'Assemblée générale de l'ONU.
Le Canadien Mohamed Fahmy et l'Egyptien Baher Mohamed avaient été condamnés fin août, en compagnie de l'Australien Peter Greste qui travaillait également pour Al-Jazeera, à trois ans de prison par un tribunal du Caire pour avoir "diffusé de fausses informations" et travaillé sans les autorisations nécessaires.
Ils étaient accusés d'avoir soutenu à travers leur couverture médiatique les Frères musulmans, l'organisation de l'ex-président islamiste Mohamed Morsi, destitué en 2013 par M. Sissi, alors chef de l'armée.
MM. Fahmy et Mohamed avaient été arrêtés après l'énoncé du verdict en août. M. Greste était lui jugé par contumace puisqu'il avait été expulsé en février en vertu d'un décret présidentiel.
Le bureau de la présidence, selon lequel la mesure de grâce concerne en tout "100 jeunes", n'a pas précisé lorsque seraient remis en liberté les deux journalistes.
La fiancée de M. Fahmy, Marwa Omrane, qui se trouvait auprès de lui en prison lorsque l'annonce de la grâce est tombée, a dit penser qu'il serait libéré dans les prochaines 24 heures. "Mohamed est tellement content", a-t-elle dit à l'AFP, ajoutant qu'il voulait essayer de récupérer sa nationalité égyptienne.
M. Fahmy avait renoncé à cette nationalité pour ne garder que celle du Canada, en espérant pouvoir bénéficier comme M. Greste d'une mesure d'expulsion.
Egypte : grâce présidentielle pour les deux journalistes d'Al-Jazeera
Les deux journalistes d'Al-Jazeera, Mohammed Fahmy et Baher Mohammed.
Le président égyptien Abdel Fattah al-Sissi a gracié les deux journalistes de la chaîne Al-Jazeera, dont un Canadien, emprisonnés après avoir été accusés d'avoir soutenu les Frères musulmans, une affaire qui avait soulevé un tollé à l'étranger.