Son président Wafula Chebukati a annoncé lundi soir la victoire à 50,49% du vice-président sortant William Ruto, qui était perçu comme le challenger, face à Raila Odinga, figure de l'opposition soutenue par le pouvoir.
Voici les principales choses à savoir sur cet organe crucial dans les très contestées élections kényanes.
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L'IEBC est depuis des mois regardée avec suspicion, après avoir été pointée du doigt en 2017 lorsque la Cour Suprême avait annulé puis reprogrammé la présidentielle, lui reprochant une élection "ni transparente, ni vérifiable" et de ne pas avoir donné accès à ses serveurs informatiques.
Cette pression est montée en intensité à mesure que l'attente des résultats se prolongeait, entre le 9 et le 15 août, six longs jours où elle était moquée, notamment sur les réseaux sociaux, pour sa lenteur.
Lundi soir, à la surprise générale, quatre de ses sept commissaires ont rejeté les résultats quelques minutes avant leur annonce, reprochant à M. Chebukati sa gestion "opaque" et son absence de concertation.
Journaux et experts kényans semblent divisés sur leurs arguments. Selon l'avocat Charles Kanjama, la Constitution n'est "pas claire" sur la nécessité d'une entente entre les commissaires avant l'annonce. "C'est pourquoi il y a maintenant une certaine ambiguïté", dit-il à l'AFP.
"L'IEBC vire à la mascarade alors que ses dirigeants s'accusent mutuellement", titrait jeudi le quotidien Daily Nation, au sujet d'une institution familière des soubresauts et drames.
Au cours de la saga électorale de 2017, l'IEBC avait fait l'objet d'un véritable feuilleton avec la démission de plusieurs commissaires, dont Roselyn Akombe, partie avec fracas aux Etats-Unis, disant craindre pour sa vie et accusant ses collègues de parti pris en faveur du pouvoir.
Le même jour, Chebukati s'était dit incapable de garantir l'équité de la nouvelle élection d'octobre, critiquant avec virulence les dirigeants politiques kényans.
Avant même le premier vote d'août, la dépouille d'un haut responsable de l'IEBC, Chris Msando, avait été retrouvée fin juillet à Nairobi avec des traces de torture, suscitant la consternation.
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Wafula Chebukati, un avocat dont le visage soucieux a été ces derniers jours scruté par tout le pays, fut nommé à son poste en janvier 2017, après le départ de son prédécesseur, déjà très critiqué.
Après le fiasco de 2017, le fait qu'il reste en poste pour une deuxième élection fut une certaine surprise.
"Je me présente devant vous malgré les intimidations et les harcèlements", a déclaré lundi soir Chebukati au pupitre du centre de comptage de l'IEBC, en partie saccagé quelques minutes plus tôt par des agents de partis furieux.
Plus largement, l'IEBC a regretté les "arrestations arbitraires" de ses agents, ainsi que le "meurtre" d'un responsable de circonscription dans la périphérie de Nairobi.
En 2017, la commissaire Akombe avait décrit Chebukati comme "une personne de bonne volonté" mais "assiégée".
Lundi après son annonce, l'homme a été dépeint en "héros" par Ruto, puis vilipendé par Odinga qui a qualifié d'invalide sa "prétendue annonce" des résultats.
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Le niveau général de préparation de l'IEBC et la fiabilité de ses kits électroniques - utilisés pour identifier biométriquement les électeurs et transmettre les résultats - ont été particulièrement questionnés.
Mais les observateurs, internationaux comme locaux, ont plutôt salué sa gestion du jour du vote.
Le Groupe d'observation des élections (Elog), association qui scrute les élections kényanes depuis 2010, a ainsi affirmé que l'identification et la transmission des votes avait fonctionné à respectivement 93,7% et 97%.
Cette organisation indépendante a également estimé que la gestion du comptage avait été plus "ouverte et sécurisée" et que les résultats "concordaient" avec ses calculs.
Le camp Odinga a promis de "poursuivre tous les moyens légaux" à sa disposition pour faire annuler les résultats annoncés, un nouveau recours devant la Cour Suprême est donc possible.
En 2017, la défense de l'IEBC avait été considérée comme faible devant la Cour, mais elle s'est mieux préparée à cette éventualité cette année, formant notamment assidument ses avocats, note l'universitaire Macharia Munene.
"Les responsables ont été très attentifs à ne pas se faire attraper de la même façon qu'ils se sont fait attraper en 2017", explique-t-il à l'AFP.