Ignace Murwanashyaka est décédé mardi à 55 ans à la clinique universitaire de Mannheim, a indiqué le quotidien allemand Tageszeitung.
Son état de santé s'était brutalement détérioré le 11 avril en détention, a expliqué l'instance stuttgartoise à l'agence de presse allemande dpa en confirmant la mort mais pas le lieu.
Le tribunal a indiqué ne pas disposer d'informations plus précises sur sa maladie ni sur les causes de sa mort en raison du secret médical.
Ignace Murwanashyaka, président (chef politique) des Forces démocratiques de libération du Rwanda (FDLR), avait été arrêté en novembre 2009 en Allemagne où il vivait depuis les années 80.
Il était accusé, aux côtés du vice-président des FDLR Straton Musoni, d'avoir téléguidé depuis l’Allemagne plusieurs attaques dans la région du Nord-Kivu dans l'est de la République démocratique du Congo (RDC).
Le tribunal de Stuttgart avait condamné Murwanashyaka à 13 ans de prison en septembre 2015, à l'issue d'un long et complexe procès, et Musoni à huit ans.
Mais cette condamnation avait été annulée en décembre par la Cour fédérale de Karlsruhe en raison "d'erreurs juridiques en sa faveur comme en sa défaveur" et devait être réexaminée.
M. Murwanashyaka, né en 1963, et M. Musoni, devaient initialement répondre de 26 crimes contre l'humanité et 39 crimes de guerre, commis en 2009, ainsi que de "la direction d'une entreprise terroriste à l'étranger".
Mais la cour avait finalement abandonné les trois quarts des accusations pour se concentrer sur les meurtres, expliquant ne pas vouloir mettre en péril les enfants-soldats recrutés de force et les femmes violées.
Plusieurs rapports d'experts désignaient Ignace Murwanashyaka comme le chef de l'organisation depuis fin 2001, sous le nom de code Mihigo.
Recherché par Kigali et objet de sanctions des Nations unies depuis 2005, il a fait sa vie en Allemagne après ses études.
Les FDLR sont présentes dans l'est de la RDC depuis 1994. Certains de leurs chefs sont accusés d'être responsables du génocide au Rwanda perpétré par le régime hutu extrémiste sur les Tutsis et les Hutus modérés, avant leur renversement par les forces pro-Tutsi de l'actuel président rwandais Paul Kagame.
La RDC a été ravagée par deux guerres régionales (1996-1997 et 1998-2003), entamées dans le Kivu par des rébellions qui se sont élargies, allant jusqu'à impliquer sept pays africains sur le sol congolais, dont le Rwanda.