Les Super Eagles doivent accueillir les Léopards congolais dans la ville côtière de Port Harcourt, en préparation du Mondial qui commence en juin en Russie.
"Le Nigeria jouera en amical avec la RDC," a dit à la presse le ministre après un entretien avec le président Muhammadu Buhari à Abuja.
Mais de "strictes mesures" seront prises.
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"L'équipe congolaise arrive par un vol spécial, ils seront contrôlés à leur départ de RDC et le seront à leur arrivée au Nigeria", a précisé le ministre.
Le gouvernement congolais et l'OMS ont commencé lundi une campagne de vaccination dans la ville congolaise de Mbandaka, située dans le nord-ouest du pays, pour enrayer l'épidémie.
En 2014, sept personnes avaient été tuées au Nigeria par le virus Ebola, au moment où une épidémie dans d'autres pays d'Afrique de l'Ouest avait finalement tué 11.000 personnes.
Avec AFP