Les bureaux d'Action contre la faim (ACF) et de Mercy Corps avaient été fermés en septembre dans le nord-est, alors que des millions de personnes ont toujours besoin d'une assistance humanitaire.
L'armée a notamment accusé l'ONG française ACF "d'aider et d'encourager les terroristes" en leur fournissant nourriture et médicaments.
Le secrétaire général adjoint de l'ONU aux affaires humanitaires, Mark Lowcock, a affirmé avoir "reçu l'assurance des autorités compétentes que la suspension des activités de Mercy Corps et d'Action contre la faim annoncée en septembre sera levée dans quelques jours".
"Cela devrait permettre la reprise immédiate d'une assistance vitale à près de 400.000 personnes qui sont privées de nourriture et d'autre aide essentielle depuis un mois", a-t-il déclaré dans un communiqué, après une rencontre avec des hauts militaires nigérians.
Près de 35.000 personnes ont été tuées depuis 10 ans dans le conflit avec les groupes armés islamistes, qui s'est propagé dans les pays voisins et a obligé plus de deux millions de personnes à fuir leurs foyers.
Selon M. Lowcock, les violences ont fait 140.000 nouveaux déplacés cette année, tandis que plus de trois millions de personnes se trouvent toujours en situation d'insécurité alimentaire, les paysans n'ayant pas pu semer dans leurs champs.
Les relations entre l'armée nigériane et les ONG ont toujours été tendues. Ces dernières sont régulièrement accusées de faire des distributions alimentaires ou de médicaments qui tombent ensuite dans les mains des combattants.
L'armée peine à vaincre le groupe djihadiste Boko Haram et surtout la faction rivale, l'Etat islamique en Afrique de l'Ouest (Iswap), qui a intensifié ses attaques contre les militaires depuis l'été 2018.
L'armée a adopté une nouvelle stratégie qui consiste à supprimer les bases avancées, vulnérables, pour rassembler les troupes dans des "méga-camps" mieux protégés, laissant de facto une large portion du territoire à la merci des insurgés.