Couverte d'un hijab orange aux bords ourlés de vert, la jeune femme a fait son entrée au Parlement mercredi aux côtés du chef du gouvernement canadien.
"Malala Yousafzai, votre histoire est une inspiration pour nous tous et nous sommes tous fiers de vous appeler dorénavant Canadienne", a déclaré Justin Trudeau en lui remettant le certificat honorifique.
Elle a survécu en 2012 à la tentative d'assassinat de talibans pakistanais alors qu'elle rentrait de l'école. Soignée en Angleterre, où elle vit depuis, elle plaide au fil de ses déplacements pour le droit des femmes à l'éducation.
"M. Trudeau est une personnalité étonnante, une source d'inspiration et quelqu'un qui défend sans crainte le féminisme, le droit des femmes et l'égalité", a-t-elle déclaré.
Avec amusement, elle a raconté que ses proches et ses amis l'enviaient de rencontrer Justin Trudeau.
"Finalement je l'ai fait, je lui ai serré la main", a-t-elle dit en souriant, au milieu des rires de la foule.
La jeune femme a également salué l'engagement du Premier ministre canadien pour la cause des réfugiés.
Sur Twitter, la jeune femme a déclaré : "il fait du yoga et a des tatouages... Mais vous n'avez pas à être aussi vieux que le jeune Premier Ministre Trudeau pour devenir un leader".
La plus jeune personne devant le Parlement
A son arrivée, elle avait signé le livre d'or du Parlement avant d'emprunter le couloir menant à la bibliothèque du bâtiment législatif où une vingtaine de jeunes filles, téléphones portables en main ont immortalisé l'instant.
A 19 ans, Malala Yousafzai est la plus jeune personne à s'exprimer devant les députés et sénateurs canadiens, un exercice généralement réservé aux chefs d'Etat ou de gouvernement en visite officielle.
Elle est surtout la plus jeune personne à devenir Canadienne d'honneur, privilège octroyé à seulement cinq autres personnalités comme Nelson Mandela, le Dalaï Lama ou encore la Birmane Aung San Suu Kyi.
C'est le précédent gouvernement conservateur qui lui a décerné cette citoyenneté honorifique quand elle avait reçu en 2014 le Nobel de la Paix.
Malala Yousafzai participe à une cérémonie à l'ONU pour recevoir le "messager de la paix" par le secrétaire-général Antonio Guterres à New York, le 10 avril 2017.
La cérémonie prévue le 22 octobre de la même année à Toronto avait été annulée en raison de l'attaque menée le même jour par un jeune homme radicalisé qui avait abattu un militaire devant le Parlement canadien.
Un peu plus tôt mercredi, la jeune femme avait rejoint Sophie Grégoire Trudeau, l'épouse du Premier ministre, dans un lycée de la capitale fédérale.
"A nos responsables et aux politiciens, je délivre le même message, celui de privilégier l'éducation pour chaque enfant dans le monde", a déclaré la prix Nobel à quelques dizaines de lycéens ravis qui lui ont réservé une longue ovation.
"Il y a plus de 130 millions de jeunes filles qui n'ont pas accès à l'éducation, je suis ici pour parler en leur nom et dire" que dans un monde animé par les progrès de la technologie "nous ne devrions pas avoir d'enfants déscolarisés".
Mme Trudeau a salué "une jeune femme ouverte, une libre penseuse" devant être un exemple pour toutes les jeunes filles au Canada où "tout est possible".