Sacky Shanghala, ex-ministre de la Justice, et Bernhard Esau, ex-ministre de la Pêche, passeront la nuit en prison jusqu'à la poursuite de leur comparution vendredi, a ordonné le président du tribunal.
Quatre autres suspects, dont un banquier, comparaissent à leurs côtés.
MM. Shanghala et Esau avaient tous deux démissionné le 13 novembre, après avoir été mentionnés dans des documents révélés par le site WikiLeaks.
Selon ces documents, la société de pêche Samherji, basée en Islande, aurait versé des pots-de-vin à de hauts responsables namibiens pour s'assurer l'accès aux ressources halieutiques de la Namibie.
Les documents judiciaires montrent que M. Esau était l'une des figures clés de ce scandale qui porte sur 150 millions de dollars namibiens (10 millions USD).
Dans un communiqué diffusé samedi, la Commission anti-corruption a indiqué que son enquête avait jusqu'à présent "établi que (des actes de) conspiration, corruption, fraude, blanchiment d'argent et évasion fiscale ont été commis".
Ce scandale a éclaté durant la campagne pour les élections générales du 27 novembre en Namibie, où le président Hage Geingob s'est présenté pour un second mandat.
Son parti, la Swapo, est au pouvoir depuis l'indépendance en 1990.
La pêche est l'une des principales sources de devises de la Namibie, pays d'Afrique australe bordé, sur sa façade ouest, par l'océan Atlantique.