Les audiences se déroulent à huis clos pour des "raisons de sécurité" devant quatre tribunaux civils installés dans un centre de détention militaire à Kainji, dans l'Etat du Niger (centre).
Trois affaires distinctes, impliquant chacune 100 accusés, ont été examinées dans trois tribunaux, a déclaré le ministère de la Justice dans un communiqué.
Selon son porte-parole, Salihu Othman Isah, les juges ont ordonné que tous les accusés soient placés en détention provisoire pendant 90 jours, dans l'attente d'enquêtes approfondies. Les audiences reprendront le 9 janvier.
Un suspect, accusé d'avoir voulu faire exploser une mosquée de la ville de Bauchi (nord-est), a été transféré pour être jugé à Bauchi.
Au total, 1.669 suspects - 1.631 hommes, 11 femmes, 27 enfants - sont détenus à Kainji, en attendant d'être entendus par la justice.
Le gouvernement a également prévu de poursuivre 651 autres détenus dans la caserne militaire de Giwa, à Maiduguri, la capitale du Borno (nord-est).
Le ministère de la Justice a assuré lundi que les procès seraient "justes", et que les accusés seraient "poursuivis et non persécutés".
Il a toutefois reconnu que de nombreux écueils attendent les juges, évoquant notamment des "enquêtes mal menées" en raison de l'insécurité en zone de guerre et d'une "trop grande dépendance sur les preuves fondées sur les aveux".
En huit ans de conflit, seules 13 personnes ont été jugées et neuf condamnées pour leurs liens avec Boko Haram, selon des chiffres officiels.
Mais des milliers de personnes arrêtées sont détenues depuis des années sans avoir eu accès à un avocat ou sans avoir comparu devant un juge.
L'armée a par ailleurs été accusée par les organisations de défense des droits de l'homme de nombreuses arrestations arbitraires et d'exécutions sommaires malgré des enquêtes bâclées voire inexistantes à l'encontre des suspects de Boko Haram.
La transparence du processus soulève également des inquiétudes, à la suite de l'interdiction faite aux médias d'assister aux audiences, même si le gouvernement affirme que des observateurs internationaux seront présents.
Le conflit a fait au moins 20.000 morts et plus de 2,6 millions de déplacés depuis le début de l'insurrection en 2009.
Avec AFP