Dr Denis Mukwege, a plusieurs fois été primé pour son aide aux victimes de viols dans l'est de la République démocratique du Congo.
Le communiqué précise que la saisie des comptes empêche à l’institution d’opérer des retraits.
Le blocage des comptes bancaires "a un impact majeur sur le fonctionnement de l'hôpital et la prise en charge des malades", souligne-t-il, ajoutant que "les 500 agents employés par l'hôpital n'ont pas reçu leur salaire" de décembre à cause de cette décision.
Selon Me Patient Bashombe, avocat conseil de l'hôpital, il est reproché à l'établissement de ne pas payer l'impôt. Or, "l'hôpital de Panzi est (...) un hôpital de l'Etat. Et aucun hôpital public ne paie jusqu'à aujourd'hui les impôts en RDC", fait-il valoir, cité par le communiqué.
"Le fait de saisir les comptes de l'hôpital est illégal, (ce qui peut) nous amener à parler d'un acharnement", a-t-il accusé.
"Nous exigeons que les autorités cessent avec ces mesures discriminatoires à l'endroit du seul hôpital de Panzi", indique le communiqué.
A Bukavu, mercredi après-midi, des dizaines d'agents de l'hôpital ont manifesté devant les installations de la Direction générale des impôts pour protester contre cette décision, a constaté un journaliste de l'AFP.
"A cause de cette mesure de geler les comptes (de l'hôpital), nous n'avons pas été payés pour ce mois de décembre. Nos familles n'ont pas fêté à Noël, il en sera de même demain pour le Nouvel an", a déclaré à l'AFP Roger Buhendwa, l'un des manifestants.
Sur les banderoles brandies par les employés en colère, on pouvait lire: "Arrêtez tout acharnement fiscal (contre) l'hôpital de Panzi", "Libérez notre argent".
Contacté par l'AFP, le porte-parole du gouvernement, Lambert Mende, n'a pas voulu commenter une décision qui relève du "pouvoir judiciaire".
Le procureur général de la RDC n'avait pu être joint mercredi après-midi par l'AFP.
Fondé par M. Mukwege, l'hôpital de Panzi soigne depuis une quinzaine d'années des femmes victimes de violences sexuelles dans cette région troublée, instable depuis deux décennies.
En recevant fin novembre le prix Sakharov pour son combat en faveur des femmes victimes de viols, le médecin avait appelé ses compatriotes à "soigner" la RDC.
Il avait dénoncé "l'insécurité et la mauvaise gouvernance" qui sont, selon lui, à la base de "l'extrême pauvreté" qui gangrène l'est de la RDC, région pourtant riche en minerais.