Selon le texte, l'aviation russe cherchait à viser des cibles du groupe jihadiste Etat islamique "mais trois de nos soldats sont tombés en martyrs quand un bâtiment dans lequel nos unités avaient pris position a été frappé".
Le texte n'a pas précisé dans quelle région du nord de la Syrie cet incident s'est produit.
Dans son appel à M. Erdogan, le président russe a exprimé "sa tristesse et ses condoléances", selon le communiqué de l'armée.
A Moscou, le Kremlin a annoncé que MM. Poutine et Erdogan avaient décidé lors cet entretien téléphonique de renforcer leur coopération contre l'EI.
Les médias turcs avaient rapporté plus tôt que cinq nouveaux soldats turcs avaient été tués jeudi dans des combats avec des jihadistes de l'EI dans le nord de la Syrie, portant à dix le nombre de militaires turcs morts dans ce secteur en deux jours. Il n'était pas clair dans l'immédiat si ce bilancomprend les militaires tués dans la frappe russe.
Les cinq soldats ont été tués dans la région d'Al-Bab, un bastion de l'EI que les rebelles syriens appuyés par l'armée turque tentent de prendre depuis plusieurs semaines, a précisé l'agence Dogan.
Au total 66 soldats turcs ont péri, selon Dogan, depuis le début de l'intervention turque dans le nord de la Syrie le 24 août pour en déloger les jihadistes de l'EI mais aussi les milices kurdes syriennes qu'Ankara considère comme des groupes terroristes liés au Parti des Travailleurs du Kurdistan (PKK).
En dépit de ces lourdes pertes, le chef de la diplomatie turque Mevlüt Cavusoglu a affirmé mercredi que les rebelles syriens soutenus par Ankara avaient progressé face à l'EI à Al-Bab, et évoqué un possible engagement de forces spéciales turques pour reprendre la "capitale" jihadiste en Syrie, Raqa.
Longtemps opposées sur le dossier syrien, la Turquie et la Russie ont récemment décidé de coordonner leur actions contre l'EI dans ce pays.
Cette coopération en Syrie traduit l'amélioration des relations entre les deux pays après une grave crise née en novembre 2015 à la suite de la destruction par la Turquie d'un avion de combat russe survolant la frontière syro-turque.
Avec AFP