Comme les deux jours précédents, les bureaux de vote ont ouvert à 09H00 (07H00 GMT) mercredi.
Le président Sissi, élu président en 2014, a pour unique adversaire Moussa Mostafa Moussa, méconnu du grand public et partisan affiché du régime actuel.
Le résultat du scrutin sera annoncé le 2 avril.
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Les électeurs ne se sont pas bousculés dans certains bureaux de vote mardi, ont constaté des journalistes de l'AFP au Caire et dans le Delta du Nil.
A ce jour, l'Autorité nationale des élections n'a pas annoncé les chiffres provisoires de la participation. Mais son porte-parole Mahmoud el-Chérif a évoqué une participation importante dans les grands centres urbains comme Le Caire, Guizeh et Alexandrie notamment.
Ce dernier a également nié les "rumeurs" selon lesquelles le scrutin a été prolongé d'un jour jusqu'à jeudi. "Nous n'avons ni annoncé, ni pris cette décision jusqu'à maintenant", a-t-il insisté lors d'une conférence de presse mardi.
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A la dernière présidentielle en 2014, remportée par M. Sissi avec 96,9% des voix, le taux de participation avait atteint 37% après deux jours de scrutin, puis 47,5% après une prolongation d'une journée.
Le premier ministre Chérif Ismaïl a exhorté mardi les électeurs à voter. "C'est un droit constitutionnel et un devoir pour la nation de tous les citoyens", a-t-il déclaré à des chaînes de télévision locales.
Avec AFP