La victime, Ahmed Arafa, âgé de 25 ans, a été tué lors d'affrontements dans le centre de l'enclave, a ajouté le ministère. Le secteur frontalier est sous tension depuis vendredi, qui a été la journée la plus sanglante depuis la guerre de 2014.
Une porte-parole de l'armée interrogée n'a pas été en mesure de confirmer.
Plus tôt, le ministre israélien de la Défense avait une nouvelle fois prévenu que les Palestiniens de la bande de Gaza qui s'approcheraient de la frontière israélienne mettront "leur vie en danger".
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Vendredi, des dizaines de milliers de Palestiniens ont afflué vers la barrière séparant Israël de Gaza, au premier jour de "la marche du retour". Cette protestation, qui doit durer six semaines, vise à réclamer "le droit au retour" de quelque 700.000 Palestiniens chassés de leurs terres ou ayant fui lors de la guerre qui a suivi la création d'Israël en 1948.
Cette journée a été émaillée d'affrontements avec l'armée israélienne ayant coûté la vie à 17 Palestiniens, et ayant fait plus de 1.400 blessés, selon le ministère de la Santé à Gaza.
Cette protestation intervient dans une période à risques, les Etats-Unis prévoyant d'inaugurer leur ambassade à Jérusalem, autour du 14 mai.
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La reconnaissance par le président américain Donald Trump de Jérusalem comme capitale d'Israël a ulcéré les Palestiniens, qui y voient la négation de leur revendication sur la partie orientale de la Ville sainte, annexée et occupée par Israël.
La désespérance dans la bande de Gaza, éprouvée par les guerres, la réclusion, la pauvreté et les pénuries, ajoute à la volatilité ambiante.
Avec AFP