Âgé de 50 ans, le père a été arrêté et doit être présenté dès jeudi devant un tribunal.
"Le père était endormi (mardi) dans sa voiture, armé, lorsqu'il a été effrayé par son fils qui a tapé à sa vitre", a expliqué un porte-parole de la police, Mpande Khoza, "il a dégainé son arme et tiré en direction de la personne qui tapait".
"Ce n'est qu'après avoir tiré qu'il a réalisé qu'il avait ouvert le feu sur son fils", a ajouté M. Khoza.
L'adolescent est décédé lors de son transport à l'hôpital.
L'incident s'est produit dans un township du sud de la plus grande ville sud-africaine, où la violence des bandes criminelles défraie régulièrement la chronique.
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Avec une moyenne de 52 meurtres par jour, selon ses statistiques officielles, l'Afrique du Sud est considérée comme l'un des pays les plus violents de la planète.
Les vols à main armés, agressions et autres carjackings sont particulièrement fréquents à Johannesburg.
Avec AFP