Ce militaire "d'un grade peu élevé" est passé pour entrer en Corée du Sud par la partie centrale de la DMZ, a précisé le ministère.
Son arrivée intervient après la défection spectaculaire, survenue le 13 novembre, d'un autre militaire nord-coréen près du village frontalier de Panmunjom, où les forces armées des deux Corées se font face.
La défection de jeudi est la quatrième d'un militaire nord-coréen par la DMZ cette année.
Le soldat est apparu jeudi matin à un poste de garde dans un épais brouillard, a rapporté l'agence de presse sud-coréenne Yonhap, citant l'état-major des forces armées de Corée du Sud.
Aucun coup de feu n'a été tiré et aucun mouvement inhabituel de troupes nord-coréennes n'a été détecté, a ajouté l'agence.
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Lors de la précédente défection, le 13 novembre, le transfuge avait roulé à vive allure à bord d'une jeep sur une route proche de Panmumjom.
Puis il était sorti du véhicule et avait couru vers le sud sous les balles de soldats nord-coréens lancés à sa poursuite, comme le montrent des images dramatiques rendues publiques le 22 novembre par le Commandement des Nations unies en Corée (UNC).
Atteint par au moins quatre balles, le fugitif avait été secouru par deux soldats sud-coréens qui avaient rampé jusqu'à lui et l'avaient mis en sécurité. Grièvement blessé, le transfuge a été soigné dans un hôpital sud-coréen.
En dehors du village frontalier de Panmunjom, la DMZ, large de quatre kilomètres, est truffée de clôtures de fil de fer barbelé et de champs de mines, ce qui rend toute tentative de traversée extrêmement dangereuse.
Avec AFP