Lundi soir, le ministère a fait état de l'"interruption de la vaccination à Goma, Beni, Butembo, Katwa, Komanda et Mabalako suite aux manifestations de la population".
A Beni et Butembo, épicentres de l'épidémie déclarée le 1er août, des manifestations ont eu lieu contre le report des élections générales jeudi par la Commission électorale nationale indépendante (Céni).
La Céni a invoqué des raisons sanitaires (Ebola) et sécuritaires (tueries de civils).
En signe de protestation, pour revendiquer leur droit de vote, des milliers d'habitants de Beni ont participé dimanche à un scrutin symbolique organisé par des associations de jeunesse, a constaté un correspondant de l'AFP.
La vaccination avait également commencé à titre préventif sur les personnels de santé à Goma, la capitale provinciale du Nord-Kivu où aucun cas positif n'a été enregistré, d'après le ministère de la Santé.
"Depuis le début de la vaccination le 8 août 2018, 53.737 personnes ont été vaccinées", indique le ministère.
Cette vaccination, utilisée pour la première fois à grande échelle pour enrayer une épidémie d'Ebola, a permis d'éviter des "milliers" de morts, a déclaré début décembre le ministre congolais de la Santé, le Dr Oly Ilunga.
"Le seul vaccin à être utilisé dans cette épidémie est le vaccin rVSV-ZEBOV, fabriqué par le groupe pharmaceutique Merck, après approbation du Comité d'Ethique dans sa décision du 19 mai 2018", précise l'autorité sanitaire congolaise.