Ces abus, sur lesquels la mission de l'ONU (Minuss) enquête, "s'il sont avérés, peuvent constituer des crimes de guerre", a averti le porte-parole adjoint de l'ONU, Farhan Haq.
Il a déploré que les autorités au Soudan du sud continuent de restreindre la liberté de mouvement des Casques bleus, notamment en refusant des autorisations de survol et en harcelant le personnel de la Minuss.
"La Minuss a reçu des informations très inquiétantes sur des violences sexuelles, dont des viols, commises par des soldats en uniforme contre des civils" aux alentours d'une des deux bases de l'ONU à Juba.
Cette base abrite 29.000 personnes déplacées par la guerre civile qui ravage le pays depuis décembre 2013, alors que 3.000 autres sont hébergées dans une autre base de l'ONU à Juba.
la capitale sud-soudanaise a été le théâtre de combats meurtriers du 8 au 11 juillet entre les troupes du président Salva Kiir et les forces loyales au vice-président, l'ex-rebelle Riek Machar.
Ces combats, qui ont fait au moins 300 morts, ont mis en péril le fragile accord de paix conclu en août 2015.
Les chefs d'Etat de l'Union africaine réunis en sommet à Kigali se sont prononcés lundi en faveur de l'envoi d'une "force régionale de protection" au Soudan du Sud.