Un général est parmi les trois personnes tuées lors des manifestations appelées par des mouvements salafistes pour "renverser le pouvoir militaire" et "proclamer l'identité islamique de l'Egypte".
Près d’une centaine de personnes ont été interpellées.
Les manifestants protestaient contre la destitution du président islamiste Mohamed Morsi il y a un an et demi.
La police a dispersé les rassemblements après la prière de vendredi. L’armée s'est déployée au Caire et dans les grandes villes du pays, empêchant des manifestations dans ces endroits.
Dans un quartier de l’Est du Caire, Matariya, des heurts avec la police ont été signalés et deux morts y ont été enregistrés, selon des responsables de la sécurité et de la santé.
Des témoins affirment que la police a tiré arbitrairement sur les manifestants.
Selon le ministère de l'Intérieur, la police a réagi après avoir essuyé des tirs de la part des manifestants. Les autorités indiquent que l’un des manifestants a été arrêté en possession d'un fusil de chasse.
Au total, 145 personnes ont été arrêtées, la plupart avant le début des rassemblements, et huit petites bombes ont été désamorcées par les artificiers, selon le ministère.
L'ex chef de l'armée et actuel président Abdel Fattah al-Sissi a destitué M. Morsi en juillet 2013. Depuis, les partisans du premier président égyptien élu démocratiquement sont la cible d'une implacable répression, qui s'est par la suite élargie à l'opposition laïque et libérale.
