La question avait été soulevée par deux hommes qui récusaient le droit de la police à mener de tels examens, après avoir été forcés à en subir un pour établir leur homosexualité.
L'homosexualité est illégale au Kenya et peut être punie de 14 années d'emprisonnement, même si des poursuites sont rarement menées.
"Il n'y avait aucun autre moyen qu'une analyse anale pour que des preuves de leur homosexualité puissent être obtenues", a déclaré le juge du tribunal de Mombasa (sud-est), Anyara Emukule.
Les deux hommes devraient faire appel de ce jugement.
Avant ce jugement, le chef de la Commission nationale kényane des droits humains des gays et lesbiennes, Eric Gitari, avait qualifié ce genre d'examens d'"humiliants", dans le magazine Newsweek.
L'interdiction de l'homosexualité "a inondé la société kényane avec les eaux du préjugé, de la haine et de la honte", avait-il écrit.
L'homophobie est en hausse en Afrique, où dénoncer l'homosexualité tout en défendant les valeurs du christianisme évangélique est dans de nombreux pays la garantie de faire le plein de voix lors des élections.
Les organisations de défense des homosexuels condamnent 'examen anal pour confirmer l'homosexualité supposée d'un homme.
Selon des militants de la cause homosexuelle, l'intolérance est en hausse au Kenya, où les cas d'attaques d'homosexuels et de lesbiennes violées pour les "guérir" augmentent.
L'homophobie au Kenya "reste un problème majeur" et la réponse des autorités à "des agressions collectives ou à d'autres formes de violences contre les homosexuels a été limitée", a noté dans un rapport récent l'organisation Human Rights Watch.
Avec AFP
