Lors de la première audience, en octobre, 1.669 personnes s'étaient présentées à la barre, à Kainji, une ville reculée de l'Etat du Niger (centre-ouest).
Le ministère nigérian de la Justice avait annoncé la libération de 468 suspects. Un total de 45 avaient été condamnés à des peines allant de deux à 15 ans de prison et 28 cas avaient été renvoyés dans d'autres juridictions.
Un groupe de 82 d'entre eux avaient plaidé coupable en échange d'un assouplissement de peine, cratains étant relâchés après des années déjà passées en détention.
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Les autres dossiers avaient été renvoyés à une nouvelle audience.
Les auditions d'octobre n'avaient pas été ouvertes au public, ni aux médias ou à des observateurs, ce qui avait entraîné des critiques de la part des organisations de surveillance des droits de l'Homme.
Cette fois, le ministère de la Justice a assuré dimanche soir que certaines ONG et certains médias pourraient y avoir accès.
Aucun détail sur le déroulement du procès n'a été toutefois officiellement communiqué par les autorités, et notamment la durée des audiences.
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L'armée nigériane a longtemps été accusée d'arrestation arbitraires de civils, détenus pendant des années sans procès, ni accès à un avocat.
Les conditions pénitentiaires au Nigeria sont particulièrement terrifiantes, avec des prisons surpeuplée et sans aucun accès sanitaires. Beaucoup de suspects ont été torturés, exécutés ou sont décédés de maladies, selon des ONG.
Le vice-président Yemi Osinbajo s'est récemment engagé à décongestionner les prisons au Nigeria.
L'insurrection de Boko Haram, qui dure depuis 2009, et sa répression par l'armée, ont fait au moins 20.000 morts et 2,6 millions de déplacés, et provoqué une terrible crise humanitaire dans le nord-est du Nigeria.
Avec AFP
