Les talibans accusent dans un communiqué le CICR de ne pas avoir "respecté (les) accords" entre les deux parties et l'OMS de "mouvements suspects" lors d'une campagne de vaccination.
Les insurgés, qui contrôlent ou disputent aux forces gouvernementales environ la moitié de l'Afghanistan, ont en conséquence "décidé d'interdire aux deux organisations d'opérer à travers le pays jusqu'à nouvel ordre", soulignant qu'ils ne garantiraient plus leur sécurité.
"Nous prenons acte de cette annonce et avons suspendu nos activités dans le pays en raison du retrait des garanties de sécurité", a réagi le porte-parole du CICR en Afghanistan, Robin Waudo.
"Nous sommes en train de prendre contact avec les talibans pour entamer un dialogue bilatéral et confidentiel", a-t-il ajouté, interrogé par l'AFP.
La porte-parle de l'OMS en Afghanistan, Ni Jin, a indiqué à l'AFP avoir "pris acte" de l'annonce des talibans et s'attacher à mieux comprendre leurs récriminations.
En août dernier, les talibans avaient déjà annulé un "accord de sécurité" avec le CICR, entraînant la suspension de ses activités. Selon les talibans, le CICR les a ensuite reprises en octobre à la suite de pourparlers.
De nombreux Afghans vivant dans des zones rurales n'ont peu ou pas d'accès aux soins et une campagne de vaccination contre la poliomyélite a été relancée en début d'année.
Le nombre de cas de poliomyélite, une maladie infectieuse causée par un virus envahissant le système nerveux, qui touche surtout les enfants en bas âge et peut engendrer des paralysies irréversibles en quelques heures, a diminué de plus de 99% dans le monde depuis 1988.
Mais l'Afghanistan, le Pakistan et le Nigeria sont les trois pays où la transmission de la polio reste endémique, selon l'OMS.
Au Pakistan notamment, les vaccinateurs sont parfois accusés d'être des espions à la solde des autorités, surtout depuis que la CIA a utilisé une fausse campagne de vaccination pour identifier Oussama Ben Laden, l'ancien chef d'Al-Qaïda, dans le nord du Pakistan, où il a été tué en mai 2011.