Le parti du Congrès du Malawi (MCP) estime que son candidat, Lazarus Chakwera, arrivé en deuxième position, s'est fait voler la victoire qui lui a échappé par 159.000 voix seulement, selon les chiffres officiels.
Peter Mutharika, 78 ans, au pouvoir depuis 2014, a obtenu 38,57% des suffrages, devant M. Chakwera, son principal rival (35,41%), selon les résultats du scrutin du 21 mai rendus publics par commission électorale.
La manifestation, qui s'est déroulée de manière pacifique, est la première depuis l'annonce des résultats le 27 mai.
M. Chakwera a rejeté "les résultats frauduleux" de l'élection et saisi la justice pour obtenir l'annulation de l'élection.
Les manifestants, portant des vêtements aux couleurs de son parti (rouge et vert), ont défilé du quartier général du MCP jusqu'au siège du gouvernement, à environ deux kilomètres, en scandant des slogans hostiles au président Mutharika.
La manifestation, placée sous le mot d'ordre "le Malawi doit se lever, Mutharika doit tomber", a paralysé le centre de Lilongwe.
Les protestataires sont "le peuple qui a été lésé", a déclaré le porte-parole du MCP, Eisenhower Mkaka.
La semaine dernière, la police avait fait usage de gaz lacrymogène pour disperser des partisans de Lazarus Chakwera qui s'étaient rassemblés devant le siège du parti.
Le MCP a dénoncé l'utilisation de feuilles d'émargement non officielles, les ratures et, surtout, le nombre étonnement élevé de taches de "blanc" surchargées de biffures sur les bulletins de vote. Il a également affirmé avoir repéré la même écriture sur des procès-verbaux venant de différents bureaux de vote.
Le chef des observateurs de l'Union européenne, Mark Stephens, a "reconnu" vendredi que "beaucoup d'erreurs avaient été commises pendant le comptage" des voix.
"Que vous ayez voté pour nous ou non, je suis votre président. Je suis le président de tous les Malawites", avait lancé vendredi le président Mutharika lors de son investiture.
Un deuxième candidat malheureux à la présidentielle, l'ancien vice-président Saulos Chilima, arrivé troisième de l'élection, a lui aussi saisi la justice pour obtenir l'annulation du scrutin, dénonçant de "sérieuses anomalies".