L'accusé, qui avait assuré lors d'une déclaration "être prêt à mourir", avait entamé sa grève de la faim pour protester contre ses conditions de détention et accuse la Cour de ne pas lui accorder un procès équitable.
Il n'est pas apparu devant les juges de la CPI depuis le 7 septembre et n'était pas présent au début de l'audience mercredi vers 13H00 (11H00 GMT).
"Il a recommencé à manger pour deux raisons : nous avons obtenu la permission d'appeler la décision des juges et nous avons fait des arrangements pour qu'il puisse voir sa femme, cette semaine, avec un certain degré d'intimité", a affirmé son conseil Stéphane Bourgon, joint par téléphone.
Cet "acte de protestation ultime", comme le décrit M. Bourgon, est intervenu après que les juges eurent refusé de lever des restrictions imposées sur ses contacts avec l'extérieur, après des inquiétudes au sujet d'intimidations présumées de témoins. Les juges ont néanmoins répété que rien dans ces conditions de détention n'empêchait les visites familiales.
Pour M. Ntaganda, "le combat est loin d'être terminé car il tient à prouver son innocence concernant les allégations d'interférence avec les témoins", a ajouté l'avocat canadien.
"Les allégations ont été évaluées par les juges sur la base de ce que nous croyons être une base insuffisante : elles auront un impact sur le procès car il s'agit de témoins qui ont déposé ou qui vont déposer devant les juges", a également affirmé M. Bourgon.
Bosco Ntaganda avait plaidé non coupable de treize crimes de guerre et cinq crimes contre l'humanité, dont meurtres, pillages, attaques contre des civils, viols et esclavage sexuel, commis par ses troupes en 2002-2003 en Ituri, dans le nord-est de la République démocratique du Congo (RDC).
L'ancien chef de guerre congolais, né en 1972, était le premier accusé à avoir jamais entamé une grève de la faim dans les prisons de la CPI.
"Il est faible, a perdu du poids et son visage est marqué mais rien d'alarmant", a ajouté M. Bourgon.
Les juges ont autorisé M. Ntaganda à être absent de l'audience jusqu'au 29 septembre, pour qu'il puisse profiter de la visite de sa famille.
Souvent surnommé "Terminator", Bosco Ntaganda aurait joué avec ses troupes des Forces patriotiques pour la libération du Congo (FPLC) un rôle central dans les violences ethniques et attaques menées contre les civils en Ituri.
Les conflits dans le nord-est de la RDC, qui ont impliqué les armées d'au moins six nations africaines dans cette région riche en minerais, ont entraîné des violences inouïes sur les civils, causant la mort de trois millions de personnes, selon les ONG, et créé une instabilité profonde dans l'Est congolais.
Avec AFP