"Le campus est fermé jusqu'à nouvel ordre à compter de ce jour 18 avril 2018", a indiqué le ministère nigérien de l'Enseignement supérieur.
Les activités académiques vont néanmoins "se poursuivre" et le restaurant universitaire restera ouvert.
Des heurts ont opposé mercredi matin les forces de l'ordre à des étudiants de l'université faisant plusieurs blessés, selon les protestataires.
L'Université de Niamey avait été paralysée par une grève d'un mois des enseignants qui protestaient contre "l'agression" le 7 février dernier d'un des leurs par des étudiants.
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Les enseignants avaient mis fin à leur mouvement le 17 mars, après avoir obtenu l'exclusion de cinq étudiants et le recours aux forces de l'ordre pour sécuriser le campus.
Les étudiants avaient évoqué une "altercation mineure" et non une agression. Jugeant ces exclusions "injustes, disproportionnées, illégales et arbitraires", ils avaient entamé un mouvement de grève.
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Le président Mahamadou Issoufou a promis début mars dans un entretien à la télévision publique que "le gouvernement veillerait à ce que le calme revienne à l'université en rapport avec tous les acteurs".
Avec AF