Les résultats définitifs de ce scrutin sans surprise, organisé les 26, 27 et 28 mars, doivent être proclamés lundi.
Quelque 25 millions d'électeurs se sont rendus aux urnes, sur près de 60 millions de personnes inscrites sur les listes, soit un taux de participation de 42,08%, selon le quotidien Al-Ahram. Parmi eux, environ 23 millions ont voté pour M. Sissi, selon le journal.
Le seul autre candidat, Moussa Mostafa Moussa, a recueilli 3,1% des voix, soit quelque 750.000 votes, a précisé la même source.
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M. Mostafa Moussa, inconnu du grand public, est un partisan affiché du chef de l'Etat. Il s'était lancé dans la course in extremis après que d'autres candidats potentiels eurent été emprisonnés ou découragés, sa candidature évitant ainsi au président Sissi de se retrouver dans une situation de plébiscite.
Des personnalités de l'opposition avaient appelé au boycott du scrutin qu'ils ont qualifié de "mascarade".
M. Sissi avait été élu une première fois en 2014 avec également 96,9% des voix, après avoir destitué l'année précédente, en tant que chef de l'armée, le président islamiste Mohamed Morsi, puis mené une répression impitoyable contre ses partisans.
Avec AFP