Un décompte provisoire communiqué vendredi par la Commission électorale (Ceni) après dépouillement de plus de 2 millions de bulletins, sur près de cinq millions de votants, créditait M. Rajoelina de 54,68% des suffrages, nettement devant M. Ravalomanana (45,32%).
Le taux de participation a atteint 48,4%, en retrait par rapport aux 54,3% du premier tour, selon la Ceni.
La publication de ces premières tendances significatives intervient alors que les deux candidats ont proclamé leur victoire dès le soir du second tour.
"Le changement arrive demain et, dès aujourd'hui, vous pouvez dire que +Dada+ (Papa, son surnom) est élu", avait lancé mercredi Marc Ravalomanana.
Lire aussi : Madagascar : les deux finalistes persuadés d'avoir remporté la victoire"C'est le 13 (son numéro sur la liste des candidats) qui mène dans tout Madagascar", avait asséné en retour Andry Rajoelina. "Je suis persuadé de remporter une victoire, mais on va attendre les résultats officiels".
Au premier tour, l'ex-publicitaire et disc-jockey, 44 ans, avait déjà viré en tête avec 39,23% des voix. M. Ravalomanana, 69 ans, qui a fait fortune à la tête d'un groupe laitier, le talonnait avec 35,35%.
Depuis deux jours, les camps des deux protagonistes s'accusent mutuellement d'avoir triché.
Avant même le second tour, Marc Ravalomanana avait mis en garde contre la circulation de "fausses cartes d'identité et fausses cartes d'électeurs".
- "Manipulations" -
Jeudi matin, l'ex-chef de l'Etat a haussé le ton en dénonçant auprès de l'AFP des "fraudes massives". "Je commence à être inquiet. Je n'accepterai les résultats que s'ils correspondent à la réalité, sinon je déposerai un recours", a-t-il mis en garde.
Lire aussi : Les Malgaches ont voté pour arbitrer le combat des chefs au second tour de la présidentielleConforté par les premiers scores publiés, l'entourage d'Andry Rajoelina a répondu en accusant à son tour celui de son adversaire de "manipulations".
"S'ils disent avoir constaté des fraudes, je les encourage à utiliser les voies de recours prévues par la loi", a répondu à l'AFP l'ancien ministre Hajo Andrianainarivelo. "Nous avons fait un grand pas vers la victoire".
Le chef de la mission des observateurs de l'Union européenne (UE) a affirmé vendredi n'avoir pas constaté les irrégularités signalées par les candidats.
"Les Malgaches ont voté dans une atmosphère pacifique lors d'un scrutin transparent et bien organisé", s'est réjoui Cristian Preda devant la presse.
"Avant même le premier tour les candidats ont parlé de fraude massive, nous ne les avons pas constatées sur le terrain (...). Il faut leur dire, si vous les voyez, que la campagne est finie", a-t-il ajouté. "J'espère que le calme viendra une fois que les résultats seront très clairs".
Dans la même veine, l'Union africaine (UA) a félicité vendredi les "deux candidats, toute la classe politiqe et le peuple malgache qui, malgré les divergences (...)ont su faire preuve de retenue".
- "Risques de dérapage"
Tout au long de la campagne électorale, les échanges ont été vifs entre les deux ex-chefs de l'Etat et leurs partisans, dont les rancunes remontent à la crise de 2009.
Lire aussi : Duel au couteau entre deux "ex" pour la présidentielle malgacheElu en 2002, M. Ravalomanana avait été obligé de démissionner sept ans plus tard face à une vague de manifestations violentes fomentées par M. Rajoelina, alors maire d'Antananarivo.
Ce dernier avait ensuite été installé par l'armée à la tête d'une présidence de transition qu'il a quittée en 2014.
Les deux hommes avaient été privés de revanche en 2013, interdits de candidature à la faveur d'un accord de sortie de crise validé par la communauté internationale.
Depuis des semaines, leur duel aux airs de règlement de comptes a occulté le débat sur l'insécurité, la corruption et surtout la pauvreté du pays, un des moins avancés sur le continent africain et dans le monde.
Le bras de fer engagé par Marc Ravalomanana et Andry Rajoelina a ravivé les craintes de voir le pays replonger dans une des crises politiques dont il est coutumier depuis son indépendance de la France en 1960.
Lire aussi : Débat télévisé musclé entre les deux prétendants à la présidentielle à Madagascar"Les deux candidats et leur entourage ont des intérêts énormes en jeu, il y a des risques de dérapages", s'est inquiétée auprès de l'AFP Hony Radaert, de l'ONG Collectifs des citoyens.
Plus optimiste, un diplomate occidental s'est dit persuadé que la raison finirait par l'emporter.
"L'écart entre les deux candidats semble aujourd'hui net et devrait se confirmer", a-t-il confié sous couvert de l'anonymat à l'AFP. "A mon avis, les allégations de fraude du camp Ravalomanana relèvent plutôt d'une stratégie destinée à gérer son échec".