Les inculpés ont tous été arrêtés et mis en détention depuis le début de l'insurrection islamiste en 2009, qui a fait 20.000 morts et 2,6 millions de déplacés dans le nord-est du pays.
Quelque 1.670 détenus dans une base militaire à Kainji, dans l'Etat central du Niger, doivent d'abord être jugés, selon le ministère de la Justice.
Suivront ensuite les procès de 651 autres personnes détenues dans la caserne de Giwa, à Maiduguri, capitale du Borno (nord-est).
Selon une source gouvernementale proche du dossier, les magistrats du parquet et les avocats de la défense sont arrivés tôt lundi à Kainji pour préparer les audiences.
"Tout porte à croire que l'ensemble de la journée (lundi) sera consacrée à des questions d'ordre administratif", a déclaré cette source sous couvert d'anonymat.
"Il s'agit surtout de trier les dossiers des suspects pour déterminer qui va être entendu aujourd'hui et ceux qui seront jugés plus tard".
"Les procès seront menés sur une base individuelle. Bien sûr, si plusieurs suspects sont accusés d'avoir commis un crime en particulier, ils seront jugés en groupe", a précisé la source.
Seules 13 personnes ont été jugées et neuf condamnées pour leurs liens avec Boko Haram en huit ans de conflit, selon des chiffres officiels.
Mais des milliers de personnes arrêtées sont détenues depuis des années sans avoir eu accès à un avocat ou sans avoir comparu devant un juge.
L'armée a par ailleurs été accusée par les organisations de défense des droits de l'Homme de nombreuses arrestations arbitraires et d'exécutions sommaires malgré des enquêtes bâclées voire inexistantes à l'encontre des suspects de Boko Haram.
La transparence du processus soulève également des inquiétudes, suite à l'interdiction faite aux médias d'assister aux audiences, même si le gouvernement affirme que des observateurs internationaux seront présents.
Avec AFP