Ils étaient accusés d'avoir occupé en avril 2018 une place du centre de Mytilène, le chef-lieu de l'île, pour protester contre leurs conditions de vie dans le camp surpeuplé et insalubre de Moria.
Leur rassemblement avait été pris à partie par quelque 150 militants d'extrême droite, qui leur avaient jeté des pierres et des fusées éclairantes. Des affrontements avaient suivi, entraînant l'intervention de la police.
Parmi les agresseurs, 26 ont été identifiés par la police et doivent comparaître à une date qui n'a pas encore été fixée.
"Les chefs d'accusation étaient dénués de fondement", a indiqué aux médias l'une des avocates de la défense, Me Elli Kriona-Sarantou, en se félicitant du jugement du tribunal.
L'île de Lesbos est proche des côtes occidentales turques.
Me Elli Kriona-Sarantou s'est dit préoccupée du fait que les militants d'extrême droite n'aient pas encore été jugés, "une situation qui nourrit l'impunité sur l'île".
Seule une vingtaine d'accusés étaient présents à l'audience, le reste était représenté par Hias, une association d'aide légale aux demandeurs d'asile.
"Nous n'avons rien fait. Nous avons été attaqués par des extrémistes. Nous sommes innocents", a déclaré à l'AFP l'Afghan Hadisse Hosseini, l'une des personnes acquittées.
La Grèce accueille actuellement plus de 70.000 réfugiés dont près de 15.000 sur les îles égéennes.
Avec près de 9.000 arrivées depuis le début de l'année 2019, le nombre des réfugiés a de nouveau augmenté, après avoir chuté en 2017 et 2018.
La situation est explosive en particulier sur les îles de Lesbos et de Samos où les camps sont surpeuplés.
A Lesbos, le nombre des migrants et des demandeurs d'asile s'élève à environ 7.000 personnes alors qu'il n'y a que 4.200 places disponibles pour eux dans les camps et les logements de l'île.
Dans le camp de Samos la situation est pire: 3.175 personnes y vivent actuellement contre une capacité de 648 personnes, selon les derniers chiffres publiés jeudi par le ministère de la Protection du citoyen.