Geoffrey Onyeama a indiqué au cours d'une conférence de presse que son pays allait affréter deux avions pour rapatrier 800 migrants samedi.
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Les vols se poursuivront durant les prochains jours, a-t-il ajouté, précisant que l'opération concernerait seulement les migrants souhaitant rentrer volontairement au Nigeria.
M. Onyeama a dit avoir visité deux centres de détention de migrants en Libye, où il a rencontré un certain nombre de ses compatriotes.
"La réalité est qu'un grand nombre de ces Nigérians ici ont beaucoup souffert et ont traversé une expérience extrêmement traumatisante", a-t-il déploré. "L'objectif principal est de ramener ces Nigérians à la maison le plus vite possible."
Le responsable nigérian a assuré que son pays avait fourni "tous les moyens nécessaires pour rapatrier tous les Nigérians".
Il a toutefois souligné la difficulté à cerner le nombre de Nigérians en Libye, dans la mesure où plusieurs d'entre eux sont soit dans la nature, soit détenus dans des centres hors du contrôle des autorités libyennes.
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Le Nigeria s'était déjà engagé à rapatrier 250 migrants chaque semaine vers Lagos, suite à un scandale né après la diffusion d'un reportage de CNN sur le trafic d'esclaves, dont sont victimes les Africains de l'Ouest en situation illégale en Libye.
Lors du sommet Europe/Afrique fin novembre à Abidjan, le président nigérian s'est engagé à rapatrier et "réhabiliter tous les Nigérians bloqués en Libye".
En novembre, 1.300 Nigérians avaient été rapatriés, contre seulement 643 entre décembre et mars. Les autorités nigérianes affirment que 5.000 ressortissants sont encore "bloqués", dans des endroits "accessibles aux services consulaires".
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Géant de 190 millions d'habitants, le Nigeria est le premier pays d'émigration illégale en Afrique de l'Ouest. Il était régulièrement montré du doigt par l'Union Européenne pour refuser de rapatrier ses ressortissants, mais des accords de partenariat ont été négociés pour faciliter leur retour.
En 2017, un programme de l'Organisation internationale pour les migrations (OIM) a permis le retour volontaire de près de 20.000 migrants africains vers leurs pays d'origine, selon les statistiques de l'organisation.
Avec AFP