Cette visite du président Nigérian dans le fief historique de Boko Haram est la première depuis deux ans.
M. Jonathan s’y est rendu alors qu’il est en pleine campagne électorale. Il est arrivé à Maiduguri, la capitale de l'Etat de Borno et le fief historique de Boko Haram, peu avant 15h (locales, 14h00 GMT) accompagné notamment par le chef d'Etat-major des armées, Alex Badeh, et escorté par environ 200 soldats.
La dernière fois que M. Jonathan a fait un déplacement dans le Nord-Est, il était plutôt allé à Maiduguri et Damaturu, la capitale de l'Etat voisin de Yobe, en mars 2013.
M. Jonathan, très critiqué pour n'avoir pas su juguler l'insurrection islamiste qui a pris une ampleur sans précédent sous son mandat, est candidat à sa réélection le 14 février.
Cette visite intervient dans le sillage de l'attaque de la ville de Baga, dans le nord de l'Etat de Borno, sur les rives du lac Tchad, début janvier, sans doute la plus meurtrière jamais commise par Boko Haram.
Ce massacre a été qualifié jeudi de "crime contre l'humanité" par le Secrétaire d'Etat américain John Kerry.
Des centaines de personnes "voire plus" ont péri à Baga et dans ses alentours, selon Amnesty International.
Le président Jonathan, qui a condamné la tuerie de Charlie Hedbo la semaine dernière à Paris, n'a fait aucun commentaire sur le massacre de Baga pour l'instant.
L'insurrection islamiste a fait plus de 13.000 morts et 1,5 million de déplacés au Nigeria depuis son début, en 2009.
Maiduguri, capitale de l'Etat de Borno, fief historique de Boko Haram, a longtemps été le théâtre d'attaques et d'affrontement quasi-quotidiens entre les islamistes et les forces de l'ordre.
Quand Boko Haram s'est ensuite concentré dans des régions plus reculées du Nord-Est, les civils fuyant les combats ont afflué de plus en plus nombreux pour se réfugier dans la ville.
Des responsables locaux avaient estimé en septembre que plus de la moitié des 4,1 millions d'habitants de cet Etat avaient trouvé refuge à Maiduguri, qui ne comptait à l'origine guère plus d'un million d'habitants.