Ses co-accusés qui sont Joseph Kony, Vincent Otti et Okot Odhiambo seront donc jugés dans une procédure à part.
M. Ongwen avait comparu pour la première fois devant la justice internationale fin janvier, quelques semaines après s'être constitué prisonnier auprès des forces spéciales américaines en Centrafrique, où se trouve la LRA.
La juge a décidé de ne pas poursuivre les trois autres suspects en leur absence : "ils sont toujours en fuite, près de dix ans après la délivrance de mandats à leur encontre", a souligné la Cour.
Vincent Otti et Okot Odhiambo sont officiellement "en fuite" mais ils sont vraisemblablement décédés. Le premier aurait été abattu en 2007 sur les ordres du chef de la LRA Joseph Kony, le deuxième aurait été tué lors d'une offensive ougandaise contre des positions de la milice fin 2013.
L'armée ougandaise a annoncé lundi effectuer des tests ADN pour vérifier si un cadavre récemment exhumé était bien celui de M. Odhiambo.
Si sa mort est confirmée, Joseph Kony serait le dernier chef de la LRA encore en fuite.
M. Ongwen, environ 40 ans, est accusé de sept crimes contre l'humanité et crimes de guerre, notamment pour meurtre, réduction en esclavage et traitements cruels.
Créée dans la deuxième partie des années 80, la sanglante milice opérait dans le nord de l'Ouganda, où elle a multiplié les exactions - enlèvements d'enfants transformés en soldats et en esclaves, mutilations et massacres de civils.
Elle en a été chassée au milieu des années 2000 par l'armée ougandaise, avant de s'éparpiller dans les forêts équatoriales des pays alentour, dont la Centrafrique.
Selon l'ONU, la rébellion a, depuis sa création, tué plus de 100.000 personnes en Afrique centrale et enlevé plus de 60.000 enfants.