Au pouvoir depuis 2014, M. Mutharika avait alors été déclaré vainqueur par la commission électorale, avec 159.000 voix d'avance sur son principal rival Lazarus Chakwera.
Mais, saisie par l'opposition, la Cour constitutionnelle a annulé ce scrutin en raison de fraudes "systématiques et graves".
Conformément à l'arrêt de la plus haute instance judiciaire du pays, le Parlement a récemment voté une loi qui organise un nouveau scrutin présidentiel en mai prochain.
Mais M. Mutharika, qui conteste la décision de la Cour, s'est jusque-là abstenu de la promulguer.
Le chef de l'Etat n'a pas donné d'explication à la dissolution du gouvernement. "Il ne fait qu'exercer son droit discrétionnaire", a indiqué à l'AFP son porte-parole, Mgeme Kalilani.
Selon des analystes, sa décision vise à conforter la nouvelle alliance politique qu'il a scellée en vue du nouveau scrutin présidentiel entre son Parti démocratique progressiste (DPP) et le Front démocratique uni (UDF).
Le candidat de ce parti, Atupele Muluzi, était arrivé quatrième de la présidentielle de 2019 avec 4,76% des voix.
Peter Mutharika "a besoin d'un gouvernement de campagne", a commenté à l'AFP Henry Chingaipe, politologue à l'université du Malawi. "Sa composition nous révèlera l'équilibre au sein de la coalition", a-t-il ajouté, "on peut s'attendre à des tiraillements".
Le principal mouvement d'opposition, le Parti du congrès du Malawi (MCP) de Lazarus Chakwera, a déploré la décision "dangereuse" de Peter Mutharika. "On ne peut pas diriger un gouvernement pour faire plaisir à des personnes, il faut le faire pour le bénéfice du peuple tout entier", a estimé le MCP.
La nomination de la nouvelle équipe ministérielle est attendue dans les jours qui viennent.
